Arbeitskreis

Informatik in der Pathologie

Tätigkeiten des Arbeitskreises

Tätigkeiten im Berichtszeitraum 1. Januar 2015 bis 31. Dezember 2015

In dem arbeits- und diskussionsreichem Jahr 2015 bildeten die Sitzung unserer Arbeitsgemeinschaft während der 100. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Pathologie in Berlin und die Teilnahme an dem Jahreskongress der Europäischen Gesellschaft für Pathologie (ESP) die Höhepunkte des Jahres.

Das Vortrags und Posterprogramm umfaßte folgende Themenpunkte:

1. Bildbearbeitung und -analyse in der mikrospokischen Diagnostik
2. IT Lösungen in Forschung, Lehre, Diagnostik und wissenschaftlicher Publikation
3. Aspekte der digitalen (computerisierten) Pathologie
4. Digitalisierung bei der translationalen Forschung Biobanken.

In die Lehrangebote werden zunehmend audio-visuelle Präsentationen eingebunden. So wurde in Erlangen unter Führung des pathologischen Instituts eine entsprechende Plattform von Studierenden für Studierende entwickelt, in der mittels Podcasts Lehrinhalte vermittelt werden.
Aus dem Themenblock ‚Morphometrie’ sind die langjährigen Erfahrungen in Zürich mit a) der automatisierten Quantifizierung von Biomarkern, b) mehreren Algorithmen zur Detektion und Auswertung entsprechender Daten zu erwähnen. In den Algorithmen werden die Fuktionen von sogenannten Library-Searches in Verbindung mit mehrdimensionalen neuronalen Netzwerken benutzt. Da es sich zumeist um modulierte Prozesse handelt, sind Übertragung und Anpassung der verwendeten Algorithmen auf immunhistochemische, durchlicht- und fluoreszenzbasierte Aufnahmen und in-situ Hybridisierungen zu erwarten.

In Mannheim wurde ein Programm, das auf der sequenziellen Immunhistochemie basiert, zur Visualisierung der Lymphozytenverteilung in Beckenkammstanzen entwickelt.
Grundlage für entsprechende Programmierungsansätze ist stets eine genügend gute Bildqualität, auf die insbesondere von der Berliner Arbeitsgruppe, die auf diesem Gebiet langwährige Erfahrungen durch Aufbau und Durchführung der internationalen Scanner-Contests gesammelt hat, hingewiesen wurde. Spezielle Beiträge zu Standardisierung der ‚Bildinhaltsinformation’  (image content information) wurden von der Freiburger Arbeitsgruppe in der neu gegründeten open access Zeitschrift www.diagnosticpathology.eu publiziert.
Der Komplexität der gewonnenen multidimensionalen Datensätze bei der Struktur, Objekt, und Textur orientierten Bildanalyse mit den Herausforderungen für eine effektive und inhaltsorientierte Auswertung und  Archivierung widmet sich das Z-Projekts in der multidisziplinären translationalen Forschung aus Freiburg, das lebhaft diskutiert wurde.
Aus Berlin wurde in Bezug auf den Themenkomplex Biobanken die nationale Struktur dargestellt. Die Entwicklung von Standards für einen internationalen Austausch von Biomaterialien wurde als wichtige Herausforderung für die zukünftige Entwicklung und Verwaltung von Biobanken genannt.

In den Posterpräsentationen stand das sogenannte „deep learning“ im Vordergrund. Hierbei bilden komplexe mehrdimensionale neuronale Netzwerke  die Grundlage für adaptive (selbst lernende) Algorithmen in der Bildanalyse und der Klassifikation von Bildinhalten.
Im Anschluss an die Vortragssitzung der Arbeitsgemeinschaft in Berlin fand die reguläre Mitgliederversammlung statt, in der die zukünftige Ausrichtung der AG diskutiert wurde. Da die Themenschwerpunkte in der Integration der Informatik in die Arbeitsabläufe in der Pathologie, in einer Digitalisierung von Bildinhalten, Vernetzung von Pathologie mit anderen medizinischen Fachgebieten sowie zwischen Forschung und Routinediagnostik gesehen wurden, sollte dies auch im Namen mit der Änderung in „Arbeitsgemeinschaft Informatik und Digitale Pathologie“ zum Ausdruck gebracht werden. Ein entsprechender Antrag zusammen mit den aktualisierten Statuten der AG wird im Herbst bei dem Vorstand der Deutschen Gesellschaft für Pathologie eingereicht werden.
Insgesamt kann von einer positiven Entwicklung in den Themengebieten der AG mit steigender Anzahl qualitativ hochwertiger und international kompetitiver Beiträge berichtet werden. Zahlreiche Mitglieder sind im editorial board der Zeitschrift www.diagnosticpathology.eu aktiv, somit international ausgewiesen und tragen ihre Forschungsergebnisse auf den jährlichen Fachtagungen national im Rahmen der Deutschen Gesellschaft für Pathologie als auch international auf den Jahrestagungen der European Society of Pathology vor.
Beides ist Motivation, zusätzlich Workshops zu ausgewählten Themen aus dem Gebiet der Informatik und der Digitalen Pathologie zu initiieren. Gemeinsame Workshops mit der GMDS sind sicher eine wünschenswerte Anregung.