Arbeitsgruppe

Medizinische Bild- und Signalverarbeitung - gemeinsame Arbeitsgruppe des Fachbereiches Med. Informatik und Med. Bioinformatik und Systembiologie

Stellenangebote

für den Themenbereich Medizinische Bild- und Signalverarbeitung

06.02.2020

Am Institut für Medizinische Informatik (Direktor: Prof. Dr. Heinz Handels) ist zum  nächstmöglichen Zeitpunkt für die Dauer von 3 Jahren ein

Promotionsstipendium

zu vergeben. Das Stipendium wird gemäß der Satzung des Center for Doctoral Studies der Universität zu Lübeck zunächst für 1 Jahr vergeben; danach erfolgt die Verlängerung des Stipendiums um 2 weitere Jahre. Die Stipendienhöhe beträgt 1900,-€ monatlich. Das Promotions­projekt wird unter Betreu­ung von Prof. Dr. Heinz Handels am Institut für Medizinische Informatik durchgeführt.

Das Promotionsthema beschäftigt sich mit der intelligenten Analyse und Inter­pre­tation von Bilddaten aus der optischen Kohärenztomographie (Abk.: OCT). Das Promotionsprojekt wird in Kooperation mit dem Institut für Biomedizinische Optik der Universität zu Lübeck sowie dem Massachusetts General Hospital in Boston, USA, durchgeführt, zu denen bereits intensive Kontakte und Kooperationen bestehen. Methodisch steht die Erforschung der Mög­lichkeiten des Einsatzes von optimierten maschinellen Lernverfahren und KI-Methoden wie neuronalen Netzen unter Ver­wendung von Deep Learning für die intelligente Aus­wer­tung von 3D- und 4D-OCT-Bild­daten im Vordergrund. Medizinisch werden Frage­stellun­gen aus der Derma­tologie und der Ophthalmologie bearbeitet.

Bewerberinnen oder Bewerbern sollten über einen Master in den Studiengängen Medizinische Informatik, Informatik, Medizinische Ingenieurwissenschaften oder in eng verwandten Studien­gängen verfügen und Vorkenntnisse in der medizinischen Bild­ver­ar­bei­tung und/oder in maschinellen Lernverfahren haben (wie z.B. neuronale Netze, Deep Learning etc.).

Der Bewerbung sollten folgenden Unterlagen beigefügt werden:

  • Motivationsschreiben
  • Lebenslauf
  • Zeugnisse
  • Publikationen (falls vorhanden)

Interessenten melden sich bitte bei:

Prof. Dr. rer. nat. habil. Heinz Handels
Institut für Medizinische Informatik 
Tel.: 0451/3101-5600 
Email: handels@imi.uni-luebeck.de

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06.02.2020

PhD Thesis in Medical Image Registration with focus on Deep Learning

Institution: Computer Assisted Clinical Medicine, Mannheim Institute for Intelligent Systems in Medicine, Heidelberg University, Germany
Start date: as soon as possible
Duration: 36 months

Profile:

Applicants will hold a master degree/ will be master candidates in physics, computer science, mathematics, biomedical engineering or a related field; strong knowledge in programming and algorithmic development, willingness to learn required programming languages (Python) and tools for deep learning (Tensor flow) and to understand the principles of medical imaging techniques related to the project is expected; experience in image processing/ classification with deep learning is a plus.

Project Description:

The Research Campus Mannheim Molecular Interventional Environment (M²OLIE) develops innovative molecular imaging technologies by fusion of several imaging modalities (CT, MRI, PET) to enable image-guided, high-precision interventions using high-end CT and robotic systems. The PhD candidate will perform research in deep learning based multimodal image registration to be applied in image guided interventions within the Research campus and beyond.

Working Environment:

Our group is composed of more than thirty scientists from physics, electrical engineering, medicine and computer science and is working in close co-operation with the local medical departments. We are developing new imaging techniques and data analysis approaches and translate them with our clinical partners into daily practice.

For more information on the project or for application please contact:

Project leader:
Prof. Dr. Ing. Frank Zöllner
Computer Assisted Clinical Medicine,
Medical Faculty Mannheim, Heidelberg University,
Theodor-Kutzer-Ufer 1-3, 68167 Mannheim, Germany
Tel.: +49 621 383 5117
E-Mail: frank.zoellner@MedMa.Uni-Heidelberg.de
Web: http://www.ma.uni-heidelberg.de/inst/cbtm/ckm/
Director:
Prof. Dr. rer. nat. Lothar Schad
Chair in Computer Assisted Clinical Medicine,
Medical Faculty Mannheim, Heidelberg University,
Theodor-Kutzer-Ufer 1-3, 68167 Mannheim, Germany
Tel.: +49 621 383 5121
E-Mail: Lothar.Schad@MedMa.Uni-Heidelberg.de
Web: www.ma.uni-heidelberg.de/inst/cbtm/ckm/

Offer of employement

31.01.2020

Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in Medizininformatik

Charité - Universitätsmedizin Berlin

Einsatzbereich:

Gemeinsam sind Charité und Berlin Institute of Health (BIH) an der Medizininformatik-Initiative des BMBF beteiligt. Vertreten durch die Core Unit E-Health und Interoperabilität des BIH, das Institut für Medizinische Informatik der Charité und die AG Medizininformatik des BIH koordinieren sie das Verbundvorhaben „Collaboration on Rare Diseases" (CORD-MI). In CORD-MI engagieren sich zwanzig Universitätsklinika und weitere Partnerinstitutionen für die Verbesserung von Versorgung und Forschung für Menschen mit seltenen Erkrankungen durch die standortübergreifende Vernetzung von Daten.
Während der Aufbau- und Vernetzungsphase der Medizininformatik-Initiative werden Strukturen und Prozesse entwickelt, von denen ein Vielzahl künftiger Versorsorgungssituationen und Forschungsvorhaben profitieren sollen.

Ihr Aufgabengebiet:

  • Design, Implementierung und Betrieb von Lösungen zur Integration von Daten im Bereich seltener Erkrankungen unter Einsatz von Interoperabilitätsstandards und Data-Warehouse-Technologien
  • Entwicklung von Skripten (u.a SQL und R) zur Durchführung standortübergreifender Auswertung auf Basis der integrierten Daten
  • Zusammenarbeit mit weiteren Teams und Klinikern im Rahmen des Projekts, bspw. bei der Erstellung von Datenschutzkonzepten und Ethikanträgen sowie der Planung von Auswertungen
  • Mitwirkung bei der Dissemination der Projektergebnisse

Ihr Profil:

  • Abgeschlossenes Studium (Master oder vergleichbar) der Medizininformatik, Informatik oder verwandtes Fach
  • Sehr gute Kenntnisse im Bereich relationaler Datenbanksysteme und Data Warehousing
  • Programmiererfahrung, vorzugsweise in Java und R
  • Wünschenswert sind Kenntnisse in mindestens einem der folgenden Bereiche:
    • (1) medizinische Daten- und Terminologiestandards, insb. ICD, LOINC, ORPHA Codes, HPO oder HL7 FHIR,
    • (2) Systemadministration und (Container)Virtualisierung,
    •  (3) Medizinische Data-Warehouse-Plattformen, insb. i2b2 oder tranSMART
  • Sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse in Wort und Schrift
  • Hohe Motivation und selbstständige, strukturierte und verantwortungsbewusste Arbeitsweise
  • Ausgeprägte Organisations-, Kommunikations- und Teamfähigkeit

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31.01.2020

Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in Projekt- und Datenqualitätsmanagemant

Charité - Universitätsmedizin Berlin

Einsatzbereich:

Gemeinsam sind Charité und Berlin Institute of Health (BIH) an der Medizininformatik-Initiative des BMBF beteiligt. Vertreten durch die Core Unit E-Health und Interoperabilität des BIH, das Institut für Medizinische Informatik der Charité und die AG Medizininformatik des BIH koordinieren sie das Verbundvorhaben „Collaboration on Rare Diseases" (CORD-MI). In CORD-MI engagieren sich zwanzig Universitätsklinika und weitere Partnerinstitutionen für die Verbesserung von Versorgung und Forschung für Menschen mit seltenen Erkrankungen durch die standortübergreifende Vernetzung von Daten.
Während der Aufbau- und Vernetzungsphase der Medizininformatik-Initiative werden Strukturen und Prozesse entwickelt, von denen ein Vielzahl künftiger Versorsorgungssituationen und Forschungsvorhaben profitieren sollen. 

Ihr Aufgabengebiet: 

  • Lokales Projektmanagement (WP7)
  • Terminorganisation im Hause und Abstimmung mit den Partnern
  • Qualitätsmanagement mit Beobachtung der Key Performance Indicators des Vorhabens im Hause und bundesweit
  • Lokale Begleitung und Umsetzung des einrichtungsübergreifenden Datenqualitätsmonitorings (WP4)
  • Kommunikation von Schwachstellen bei Soll-Ist-Abweichungen und anderen Auffälligkeiten in Form von PDCA-Zyklen
  • Zusammenarbeit mit weiteren Teams und Klinikern im Rahmen des Projekts, beispielsweise bei der Erstellung und Kommunikation von Datenschutzkonzepten und Ethikanträgen sowie bei der Planung von Auswertungen
  • Mitwirkung bei der Dissemination der Projektergebnisse

Ihr Profil:

  • Abgeschlossenes Studium (Master oder vergleichbar) der Wirtschaftswissenschaften, Gesundheitswissenschaften oder verwandtes Fach
  • Kenntnisse über Prozesse in Gesundheitseinrichtungen
  • Wünschenswert sind Kenntnisse in mindestens einem der folgenden Bereiche:
    •  (1) medizinische Daten- und Terminologiestandards, insb. ICD, LOINC, ORPHA Codes, HPO oder HL7 FHIR,
    •  (2) Qualitätsmanagement
    •  (3) Organisation von Gesundheitseinrichtungen
  • Sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse in Wort und Schrift
  • Hohe Motivation und selbstständige, strukturierte und verantwortungsbewusste Arbeitsweise
  • Ausgeprägte Organisations-, Kommunikations- und Teamfähigkeit

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31.01.2020

Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in medizinische Informationsentwicklung

Charité - Universitätsmedizin Berlin

Einsatzbereich:

Gemeinsam sind Charité und Berlin Institute of Health (BIH) an der Medizininformatik-Initiative des BMBF beteiligt. Vertreten durch die Core Unit E-Health und Interoperabilität des BIH, das Institut für Medizinische Informatik der Charité und die AG Medizininformatik des BIH koordinieren sie das Verbundvorhaben „Collaboration on Rare Diseases" (CORD-MI)) und steuern die Beteiligung der Charité.
In CORD-MI engagieren sich zwanzig Universitätsklinika und weitere Partnerinstitutionen für die Verbesserung von Versorgung und Forschung für Menschen mit seltenen Erkrankungen durch die standortübergreifende Vernetzung von Daten. Während der Aufbau- und Vernetzungsphase der Medizininformatik-Initiative werden Strukturen und Prozesse entwickelt, von denen ein Vielzahl künftiger Versorsorgungssituationen und Forschungsvorhaben profitieren sollen.

Ihr Aufgabengebiet:

  • Gestaltung und Umsetzung ergänzender Ansätze der medizinischen Dokumentation im Bereich Seltener Erkrankungen (WP2)
  • Schulung von Ärzten und Dokumentationspersonal in den Erfordernissen seltener Erkrankungen, auch in anderen deutschen Universitätsklinika
  • Abstimmung mit Patientenverbänden über das Nutzungsspektrum der klinischen Dokumentation
  • Initiative und Mitwirkung bei der Dissemination der Projektergebnisse (WP6)
  • Zusammenarbeit mit weiteren Teams und Klinikern im Rahmen des Vorhabens, beispielsweise bei der Erstellung und Kommunikation von
  • Datenschutzkonzepten und Ethikanträgen sowie bei der Planung von Auswertungen

Ihr Profil:

  • Abgeschlossenes Studium (Master oder vergleichbar) der Medizin, Informatik oder verwandtes Fach -
  • Sehr gute medizinische Kenntnisse über medizinische Besonderheiten der seltenen Erkrankungen -
  •  Wünschenswert sind Kenntnisse in mindestens einem der folgenden Bereiche:
    • (1) medizinische Daten- und Terminologiestandards, insb. ICD, LOINC, ORPHA Codes, HPO oder HL7 FHIR,
    • (2) klinische Dokumentation,
    • (3) Public Health, Gesundheitsökonomie und Gesundheitssystemanalyse
  • Sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse in Wort und Schrift
  • Hohe Motivation und selbstständige, strukturierte und verantwortungsbewusste Arbeitsweise 

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27.01.2020

PhD scholarship in automated virtual anatomical alignment of fractured bones

Queensland University of Technology

Brisbane, Australia

Description

Applications are invited from appropriately qualified individuals for an Australian Research Council (ARC) funded PhD scholarship in the Science & Engineering Faculty at the Queensland University of Technology (QUT) in Brisbane, Australia.

The successful candidate will mainly be involved in the development and validation of a new procedure for the automated alignment of fractured bones from CT data. With focus on determining the transformations required for restoring pre-existing segmented bone fragments to their anatomical position. The project is part of the newly established multi-million dollar ARC Training Centre for Multiscale 3D Imaging, Modelling and Manufacturing (https://m3d.edu.au). The recipient will have the opportunity of working closely with R&D of the project’s associated industry partner Stryker Trauma GmbH (https://www.stryker.de/en/ locations/kiel/), Germany, including a visit to their facilities in Kiel.

Applicant Requirements

  • This scholarship is available to Australian and international applicants
  • International students will need to apply for a QUT Tuition Fee Waiver Scholarship and must meet the University's English language requirements
  • Must hold a relevant degree (e.g. Informatics, Computer Science, Applied Mathematics or related branches) of at least First class honours or equivalent
  • Strong mathematical & programming skills are essential
  • Experience in computer graphical modelling is desirable
     

For more information, please visit the scholarship website: https://www.qut.edu.au/study/ fees-and-scholarships/ scholarships/phd-scholarship- in-computer-graphical- modelling

Closing Date: Open till filled

To express your interest in this scholarship, email Dr. Beat Schmutz at b.schmutz@qut.edu.au with your CV, academic transcripts and any required English language certificates.

Offer of employement